引言

染色体（Chromosome）是遗传信息的基本载体，存储该生物体绝大多数的遗传信息。在生物持续的繁育过程中，最适合生存环境的个体将自己的遗传物质 DNA 传给后代，使得整个物种的遗传信息发生变化。这个过程就叫做进化（Evolution）。

不仅是环境，染色体的结构本身也对遗传物质的传递具有选择作用。例如，染色体的着丝粒（Centromere），以及“管家基因”丛集的区域在传递过程中往往不会发生改变；而端粒（Telomere）及其附近、着丝粒附近与异染色质区域，以及转座子富集的区域，经常会发生变异，因此这些部位的遗传信息更难以准确地传递给后代。

进化生物学（Evolutionary Biology）的基本任务，就是研究生物在世代更替中遗传物质的传递与变化，如何影响生物在环境中的适应性与生存竞争力——换言之，就是尝试解释生物的遗传与变异的动态平衡，如何塑造生命的适应性与多样性。

这一专题记录我在进化生物学常用的研究工具与方法，以及相关概念。如上文所言，像我这样的生物信息学（Bioinfomatics）研究者，常使用染色体组与基因组的思维——也就是最“本质”的遗传信息，来解释生物进化，这个分支被叫做“分子进化生物学”（Molecular Evolutionary Biology）。例如，使用 MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）测算分化节点与时间；使用 WGDI（Whole-Genome Duplication Integrated analysis）分析大规模的复制事件；或者采用多种工具分析进化过程中高度保守的基因簇及其功能。

我写下这些内容的目的，更多的是为自己“备忘”（recording for preventing forgotten）；但如果能有人找到这里，并从中得到帮助，那就再好不过了。